Крепкий брак Родиона Нахапетова с первой женой Верой Глаголевой разрушился после того, как он решил покинуть страну. Принять решение остаться в штатах Родиону пришлось не только из-за творческих перспектив, но и встрече с новой возлюбленной, которая произошла в конце восьмидесятых.
На родине у Нахапетова осталась жена и две дочери, но несмотря на это он построил брак с другой женщиной, в лице гражданки США Натальи Шляпникофф он обрел любовь.
Благодаря мудрости бывших супругов они без вражды разошлись, оба нашли новое счастье – Нахапетов женился на Шляпникофф, а Вера Глаголева вышла замуж за Шубского.
Вторая супруга российского режиссера нашла общий язык с его дочерями, в свою очередь и Родион Рафаилович поладил с дочерью Натальи Екатериной от предыдущего брака. Дочь Шляпникофф известна в штатах как автор и исполнитель песен.
Женщина помогала Родиону в развитии его карьеры, который только перебрался в чужую страну и не имел знакомых. Благодаря Наталье, карьера российского актера и продюсера пошла вверх, а вскоре и служебный роман перерос в семью. Супруга Наталья родилась в русской семье. Она появилась на свет в Китае, а после в 60-х эмигрировала в США.
Несмотря на то, что он остался жить в штатах, Родион Рафаилович никогда не порывал связь с Россией. Супруги в Лос-Анджелесе и на родине Нахапетова основали две собственных продюсерских компании. Вначале совместной работы с Шляпникофф и при ее поддержке и финансировании Родион снял фильмы, так семейное сотрудничество увенчалось успехом и по сей день Наталья и Родион работают в тандеме.
Отметим, что за рубежом режиссер создал некоммерческую организацию «Фонд помощи Нахапетова», который осуществляет медицинскую помощь детям и сотрудничает с российскими специалистами.
Сейчас жене Родиона 64 года, а ему 77 лет. Он регулярно бывает на родине, не теряется связь и со своими взрослыми дочерями, которые подарили ему внуков.